Vu la procédure suivante :
Procédure contentieuse antérieure
L'association France Nature Environnement Rhône a demandé au tribunal administratif de Lyon d'annuler les arrêtés du préfet du Rhône des 26 novembre 2021 et 2 mars 2022 par lesquels il a respectivement délivré à l'exploitation agricole à responsabilité limitée (EARL) E... une autorisation environnementale pour la mise en conformité de trois retenues collinaires et prescrit la déconsignation de la somme de 40 200 euros au bénéfice de cette dernière.
Par un jugement n° 2202295 du 7 novembre 2023, le tribunal administratif de Lyon a annulé les arrêtés des 26 novembre 2021 et 2 mars 2022 et a mis à la charge de l'Etat le versement à l'association France Nature Environnement Rhône d'une somme de 250 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Procédure devant la cour
Par une requête enregistrée le 5 janvier 2024 et des mémoires enregistrés le 5 février 2024, le 5 janvier 2026 et le 18 juin 2026 (ce dernier non communiqué), l'EARL E..., représentée par Me Gandet (AARPI Lexion Avocats), demande à la cour :
1°) à titre principal, d'annuler ce jugement du 7 novembre 2023 et de rejeter la demande présentée par l'association France Nature Environnement Rhône présentée devant ce tribunal ;
2°) à titre subsidiaire, de surseoir à statuer sur le fondement de l'article L. 181-18 du code de l'environnement, le temps d'une régularisation des arrêtés du préfet du Rhône des 26 novembre 2021 et 2 mars 2022 ;
3°) de mettre à la charge de l'association France Nature Environnement Rhône le versement d'une somme de 3 000 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Elle soutient que :
- la demande introduite par l'association France Nature Environnement Rhône devant le tribunal était irrecevable en ce qu'elle n'avait pas intérêt à agir, son agrément ayant expiré ; en outre, il n'est pas justifié de ce que le signataire de la demande avait bien la qualité de président de l'association, habilité à agir au nom de celle-ci ;
- le tribunal a dénaturé les pièces du dossier s'agissant de l'impact du projet sur la zone humide ; le tribunal a jugé à tort que l'objet et la portée de l'autorisation environnementale en litige imposaient qu'il soit procédé à une évaluation environnementale.
Par un mémoire en défense enregistré le 31 juillet 2025, l'association France Nature Environnement Rhône, représentée par Me Raffin, conclut au rejet de la requête, à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à la charge de l'EARL E... sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative et à ce que l'EARL E... soit condamnée aux dépens.
Elle fait valoir que les moyens soulevés par la requérante ne sont pas fondés.
Par ordonnance du 12 décembre 2025, la clôture de l'instruction a été fixée au 6 janvier 2026.
Par des courriers du 12 mai et du 5 juin 2026, l'association France Nature Environnement Rhône a été invitée, en application de l'article R. 613-1-1 du code de justice administrative, à produire les délibérations de son conseil d'administration ayant désigné son président à la date d'introduction de sa demande devant le tribunal et à celle de l'enregistrement de son mémoire devant la cour.
L'association a produit des pièces qui ont été enregistrées les 9 et 10 juin 2026.
Par un courrier du 11 juin 2026, les parties ont été informées, en application de l'article R. 611-7 du code de justice administrative, de ce que la cour était susceptible de relever d'office le moyen tiré de l'irrecevabilité du mémoire en défense, faute d'habilitation du représentant de l'association pour agir en justice au nom de celle-ci.
L'EARL E... a produit des observations sur ce moyen par un mémoire enregistré le 18 juin 2026, lequel a été communiqué.
Elle fait valoir que la demande de première instance est irrecevable.
L'association France Nature Environnement Rhône a produit des observations et de nouvelles pièces, enregistrées le 18 juin 2026, tant en réponse au moyen d'ordre public qu'aux demandes de production de pièces des 12 mai et 5 juin 2026.
Elle fait valoir que :
- elle était régulièrement représentée devant le tribunal par son président, M. D... B..., élu à ces fonctions par une délibération de son conseil d'administration du 3 octobre 2021, et habilité à cette fin par l'article 12 de ses statuts ;
- devant la cour, elle a agi par la diligence de son président, M. C... A..., élu à ces fonctions le 27 mai 2025.
Ces éléments ont été communiqués.
Vu les autres pièces du dossier.
Vu :
- la directive 2011/92/UE du Parlement européen et du Conseil du 13 décembre 2011 ;
- le code de l'environnement ;
- le code de justice administrative.
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience.
Après avoir entendu au cours de l'audience publique :
- le rapport de M. Joël Arnould, premier conseiller,
- les conclusions de Mme Bénédicte Lordonné, rapporteure publique,
- les observations de Me Scarabotto, représentant l'EARL E..., et celles de Me Raffin, représentant l'association France Nature Environnement Rhône.
Considérant ce qui suit :
1. L'EARL E... est propriétaire de trois retenues collinaires destinées à l'irrigation agricole sur les territoires des communes de Grézieu-la-Varenne et Vaugneray. Les plans d'eau A et C ont fait l'objet de modifications sans autorisation et le plan d'eau B a été créé sans aucune autorisation. Par un arrêté du 23 avril 2018, le préfet du Rhône a mis en demeure l'EARL E... de régulariser la situation administrative de ces ouvrages. Il a par la suite ordonné le 9 août 2019 la consignation administrative de la somme de 40 200 euros afin de procéder à la vidange et à l'effacement des plans d'eau. L'EARL E... a déposé le 6 janvier 2020 un dossier de mise en conformité des plans d'eau. Le 10 février 2020, après un examen au cas par cas, le préfet du Rhône a dispensé l'exploitation de la réalisation d'une évaluation environnementale. Par un arrêté du 26 novembre 2021, le préfet a délivré une autorisation environnementale relative à la mise en conformité des trois plans d'eau situés dans le bassin versant de l'Yzeron. Puis par un arrêté du 2 mars 2022, il a ordonné la déconsignation de la somme de 40 200 euros au bénéfice de l'EARL E.... Cette dernière relève appel du jugement du 7 novembre 2023 par lequel le tribunal administratif de Lyon, à la demande de l'association France Nature Environnement Rhône, a prononcé l'annulation des arrêtés des 26 novembre 2021 et 2 mars 2022.
Sur la recevabilité de la demande présentée devant le tribunal :
2. En premier lieu, aux termes de l'article 12 des statuts de l'association France Nature Environnement Rhône, son président a la capacité pour la représenter en justice. Il résulte de l'instruction que M. D... B..., signataire de la demande présentée devant le tribunal administratif de Lyon, a été désigné comme président de l'association par une délibération du conseil d'administration du 3 octobre 2021. Les statuts prévoyant le renouvellement annuel du titulaire de ces fonctions et des autres membres du bureau, il est justifié que M. B... restait président de l'association à la date d'enregistrement de la demande, et représentait ainsi régulièrement celle-ci devant le tribunal.
3. En deuxième lieu, aux termes de l'article L. 142-1 du code de l'environnement : " Toute association ayant pour objet la protection de la nature et de l'environnement peut engager des instances devant les juridictions administratives pour tout grief se rapportant à celle-ci. Toute association de protection de l'environnement agréée au titre de l'article L. 141-1 ainsi que les fédérations départementales des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique et les associations agréées de pêcheurs professionnels justifient d'un intérêt pour agir contre toute décision administrative ayant un rapport direct avec leur objet et leurs activités statutaires et produisant des effets dommageables pour l'environnement sur tout ou partie du territoire pour lequel elles bénéficient de l'agrément dès lors que cette décision est intervenue après la date de leur agrément. ".
4. D'une part, aux termes de l'article 2 de ses statuts, l'association France Nature Environnement Rhône " a pour objet la connaissance, la défense, la protection, la valorisation et la restauration de la nature et de l'environnement, avec notamment : l'intégrité du patrimoine naturel (sites, paysages, écosystèmes) et le maintien de la biodiversité (...) ". Selon leur article 4, " Les moyens de l'association incluent (...) l'action en justice aussi bien en demande qu'en défense, devant toutes les juridictions françaises, européennes et internationales ". La contestation de l'arrêté en litige, accordant une autorisation environnementale, avait dès lors un rapport direct avec son objet et ses activités statutaires.
5. D'autre part, il ressort des pièces du dossier que l'association France Nature Environnement Rhône a été agréée au titre de la protection de l'environnement dans le cadre du département du Rhône. Son agrément a été renouvelé par un arrêté du préfet du Rhône du 13 novembre 2017 pour une période de cinq ans, qui n'avait pas expiré à la date d'enregistrement de sa demande. Alors même que le projet autorisé a une portée locale, elle justifiait ainsi d'un intérêt pour contester l'arrêté de la préfète du Rhône en litige. L'intérêt de l'auteur d'une demande s'appréciant à la date de son enregistrement, l'EARL E... ne peut, en tout état de cause, utilement soutenir que l'agrément de l'association avait expiré en cours d'instance.
6. Il résulte de ce qui précède que l'EARL E... n'est pas fondée à soutenir que c'est à tort que le tribunal n'a pas rejeté comme irrecevable la demande présentée par l'association France Nature Environnement Rhône.
Sur le moyen accueilli par le jugement attaqué :
7. Aux termes de l'article L. 122-1 du code de l'environnement : " I. - Les projets relevant d'une ou plusieurs rubriques énumérées dans le tableau annexé au présent article font l'objet d'une évaluation environnementale, de façon systématique ou après un examen au cas par cas, en application du II de l'article L. 122-1, en fonction des critères et des seuils précisés dans ce tableau. (...) ". Aux termes de l'article R. 122-2 du même code : " I. - Les projets relevant d'une ou plusieurs rubriques énumérées dans le tableau annexé au présent article font l'objet d'une évaluation environnementale, de façon systématique ou après un examen au cas par cas, en application du II de l'article L. 122-1, en fonction des critères et des seuils précisés dans ce tableau (...) ". En vertu de l'annexe à l'article R. 122-2 du même code, les installations, ouvrages, travaux ou activités conduisant à modifier le profil en long ou le profil en travers du lit mineur d'un cours d'eau sur une longueur de cours d'eau supérieure ou égale à 100 m et les installations et ouvrages destinés à retenir les eaux ou à les stocker, constituant un obstacle à la continuité écologique ou à l'écoulement des crues, entraînant une différence de niveau supérieure ou égale à 50 cm pour le débit moyen annuel de la ligne d'eau entre l'amont et l'aval du barrage ou de l'installation, font l'objet d'une évaluation environnementale après un examen au cas par cas. Aux termes de l'article R. 122-3-1 du code de l'environnement dans sa version applicable : " I.- Pour les projets relevant d'un examen au cas par cas en application de l'article R. 122-2, le maître d'ouvrage décrit les caractéristiques de l'ensemble du projet, y compris les éventuels travaux de démolition, les incidences notables que son projet est susceptible d'avoir sur l'environnement et la santé humaine ainsi que, le cas échéant, les mesures et les caractéristiques du projet destinées à éviter ou réduire ses probables effets négatifs notables. Il mentionne, le cas échéant, les termes des plans ou programmes pertinents relatifs aux mesures et caractéristiques des projets susceptibles d'être retenues ou mises en œuvre pour éviter ou réduire les effets négatifs de projets sur l'environnement ou la santé humaine. / (...) IV.- L'autorité chargée de l'examen au cas par cas apprécie, dans un délai de trente-cinq jours à compter de la date de réception du formulaire complet, sur la base des informations fournies par le maître d'ouvrage, si les incidences du projet sur l'environnement et la santé humaine sont notables au regard des critères pertinents énumérés à l'annexe du présent article. Le cas échéant, elle tient compte des résultats disponibles d'autres évaluations pertinentes des incidences sur l'environnement requises au titre d'autres législations applicables ". L'annexe à cet article précise : " Critères de l'examen au cas par cas. 1. Caractéristiques des projets : Les caractéristiques des projets doivent être considérées notamment par rapport : a) A la dimension et à la conception de l'ensemble du projet ; b) Au cumul avec d'autres projets existants ou approuvés ; c) A l'utilisation des ressources naturelles, en particulier le sol, les terres, l'eau et la biodiversité ; d) A la production de déchets ; e) A la pollution et aux nuisances ; f) Au risque d'accidents et/ ou de catastrophes majeurs en rapport avec le projet concerné, notamment dus au changement climatique, compte tenu de l'état des connaissances scientifiques ; g) Aux risques pour la santé humaine (dus, par exemple, à la contamination de l'eau ou à la pollution atmosphérique). 2. Localisation des projets : La sensibilité environnementale des zones géographiques susceptibles d'être affectées par le projet doit être considérée en prenant notamment en compte : a) L'utilisation existante et approuvée des terres ; b) La richesse relative, la disponibilité, la qualité et la capacité de régénération des ressources naturelles de la zone (y compris le sol, les terres, l'eau et la biodiversité) et de son sous-sol ; c) La capacité de charge de l'environnement naturel, en accordant une attention particulière aux zones suivantes : i) Zones humides, rives, estuaires ; ii) Zones côtières et environnement marin ; iii) Zones de montagnes et de forêts ; iv) Réserves et parcs naturels ; v) Zones répertoriées ou protégées par la législation nationale ; zones Natura 2000 désignées en vertu des directives 92/43/ CEE du 21 mai 1992 et 2009/147/ CE du 30 novembre 2009 ; vi) Zones ne respectant pas ou considérées comme ne respectant pas les normes de qualité environnementale fixées par la législation de l'Union européenne et pertinentes pour le projet ; vii) Zones à forte densité de population ; viii) Paysages, sites et monuments importants du point de vue historique, culturel ou archéologique. 3. Type et caractéristiques des incidences potentielles : Les incidences notables probables qu'un projet pourrait avoir sur l'environnement doivent être considérées en fonction des critères énumérés aux points 1 et 2 de la présente annexe, par rapport aux incidences du projet sur les facteurs précisés au III de l'article L. 122-1, en tenant compte de : a) L'ampleur et l'étendue spatiale des incidences (zone géographique et importance de la population susceptible d'être touchée, par exemple) ; b) La nature des incidences ; c) La nature transfrontalière des incidences ; d) L'intensité et la complexité des incidences ; e) La probabilité des incidences ; f) Le début, la durée, la fréquence et la réversibilité attendus des incidences ; g) Le cumul des incidences avec celui d'autres projets existants ou approuvés ; h) La possibilité de réduire les incidences de manière efficace ".
8. L'EARL E... soutient que le projet en litige ne devait pas faire l'objet d'une évaluation environnementale à la suite de l'examen au cas par cas en raison de son objet, de sa portée et du caractère particulièrement fourni du dossier de demande d'évaluation au cas par cas, déposé complet le 6 janvier 2020. Il résulte toutefois de l'instruction que le projet consiste en la mise en conformité de trois plans d'eau aménagés par des retenues collinaires, d'une capacité de stockage de 39 364 m 3 et d'une superficie totale cumulée de 1,015 ha. Le plan d'eau A est alimenté par une prise d'eau sur le ruisseau de la Chaudanne et a fait l'objet d'une autorisation en 1986, avant d'être modifié sans autorisation. Il se situe au sein de la " Prairie humide les Ferrières ", identifiée en 2012 par le conservatoire des espaces naturels Rhône-Alpes comme constituant une zone humide, sur la base de données de terrain collectées par les techniciens de rivière du syndicat intercommunal du bassin de l'Yzeron entre 2009 et 2011. Si l'EARL E... soutient que l'inventaire botanique auquel il a été procédé le 31 juillet 2018 n'a pas permis d'identifier la présence de végétations hygrophiles en dehors de la bordure des étangs, cela ne saurait suffire à écarter la présence d'une zone humide à la date à laquelle les travaux d'agrandissement ont eu lieu, en 2013. De plus, les plans d'eau B et C sont situés en travers d'un affluent intermittent du ruisseau de la Chaudanne et n'ont pour l'un, pas été autorisé, et pour l'autre, modifié sans autorisation. Il n'est pas contesté que le ruisseau de la Chaudanne, affluent de l'Yzeron, subit une période d'étiage sévère entre juin et octobre, de même que l'Yzeron, avec des débits souvent nuls au cours de cette période. La décision de dispense d'évaluation environnementale relève que le pétitionnaire prévoit la mise en place d'un débit réservé de 6 l/s pour le seul plan d'eau A, aucun débit réservé n'étant prévu à ce stade pour les deux autres plans d'eau. En outre, le plan d'eau A est situé en zone rouge du plan de prévention des risques d'inondation (PPRI) de l'Yzeron et est fortement exposé à un risque inondation ou à préserver fortement. Si les plans d'eau B et C sont en zone blanche du PPRI de l'Yzeron et seulement soumis à une maîtrise du ruissellement, la notice environnementale et le rapport du commissaire enquêteur ont ultérieurement relevé la nécessité de réaliser une étude d'onde de rupture afin d'apprécier l'impact de la rupture éventuelle des digues de ces plans d'eau sur la digue du plan d'eau A et sur le lotissement situé en aval. N'est pas de nature à établir l'absence d'incidence notable le fait que le projet, qui portait sur la régularisation de plans d'eau déjà construits, avait pour objet de diminuer leur impact sur l'environnement en modifiant les ouvrages existants et en réglementant leur utilisation. Par ailleurs, la prescription par l'arrêté attaqué d'une mesure compensatoire destinée à compenser à hauteur de 200 % l'impact du projet sur la zone humide par la création de nouvelles zones en amont, autour ou en aval des plans d'eau, confirme l'existence d'une incidence notable de ce projet sur l'environnement, sans que cette mesure, que l'EARL E... n'avait au demeurant pas elle-même proposée et qui ne figurait pas dans le dossier soumis à l'évaluation au cas par cas, puisse permettre d'écarter l'existence d'une telle incidence.
9. Il résulte de ce qui précède que l'EARL E... n'est pas fondée à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Lyon a accueilli le moyen tiré de ce que le projet soumis à l'évaluation au cas par cas avait des incidences notables sur l'environnement, et qu'en le dispensant d'évaluation environnementale, le préfet du Rhône avait méconnu les dispositions citées au point 7 ci-dessus.
Sur les autres moyens invoqués par l'association France Nature Environnement Rhône devant le tribunal :
10. En premier lieu, compte tenu de ce qui a été exposé ci-dessus, la cour n'est pas en mesure de se prononcer, en l'état du dossier, sur les moyens tirés de ce que l'arrêté ne prévoit qu'une mesure compensatoire et non des mesures d'évitement et de réduction pour la zone humide ainsi que sur la légalité de l'arrêté de déconsignation. Il y a lieu de réserver l'examen de ces moyens.
11. En deuxième lieu, d'une part, la circonstance que M. E..., reconnu coupable par un arrêt de la cour d'appel de Lyon du 21 octobre 2020 de la réalisation irrégulière d'affouillements ou d'exhaussements du sol en violation des règles d'urbanisme, a été condamné à remettre en état les lieux, ne fait pas par elle-même obstacle à ce qu'une autorisation lui soit délivrée pour régulariser les ouvrages réalisés, et est en tout état de cause sans incidence sur la légalité de l'autorisation environnementale délivrée par le préfet sur le fondement des dispositions du code de l'environnement.
12. D'autre part, si par une ordonnance du 3 janvier 2022, le président du tribunal judiciaire de Lyon, statuant dans le cadre d'une comparution sur reconnaissance préalable de culpabilité, a homologué des peines infligées à M. E... et lui a enjoint de procéder à une remise en état des lieux, le préfet a fait valoir en première instance, sans être contesté, que les infractions portaient sur des parcelles situées le long de la rivière la Chaudanne, en aval du plan A en litige. Le moyen tiré de ce que l'autorité de la chose jugée par le juge pénal ferait obstacle à la délivrance de l'autorisation environnementale en litige doit dès lors être écarté comme inopérant.
Sur la mise en œuvre des dispositions de l'article L. 181-18 du code de l'environnement :
13. Aux termes du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement : " Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés, même après l'achèvement des travaux : (...) 2° Qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé, sursoit à statuer, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation. Si une mesure de régularisation est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. (...) ".
14. Il résulte de ce qui a été dit aux points 7 à 9 que l'autorisation délivrée à l'EARL E... est entachée d'un vice résultant de l'absence d'évaluation environnementale après examen au cas par cas en application de l'article L. 122-1 du code de l'environnement.
15. Dès lors, il convient d'inviter les parties à présenter leurs observations sur le caractère régularisable de ce vice et sur les modalités de sa régularisation le cas échéant, notamment le délai pour y parvenir.
DÉCIDE :
Article 1er : Il est sursis à statuer sur les conclusions de la requête de l'EARL E....
Article 2 : Les parties sont informées de ce que la cour est susceptible de prononcer un sursis à statuer sur la requête en vue de permettre la régularisation du vice affectant les arrêtés du préfet du Rhône des 26 novembre 2021 et 2 mars 2022, résultant de l'absence de réalisation d'une évaluation environnementale, et sont invitées à produire, dans un délai de deux mois, leurs observations sur le caractère régularisable de ce vice et sur les modalités de sa régularisation le cas échéant, notamment le délai pour y parvenir.
Article 3 : Tous droits et moyens des parties sur lesquels il n'est pas statué par le présent arrêt sont réservés jusqu'en fin d'instance.
Article 4 : Le présent arrêt sera notifié à l'exploitation agricole à responsabilité limitée E..., à l'association France Nature Environnement Rhône et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature. Copie en sera adressée au préfet du Rhône.
Délibéré après l'audience du 23 juin 2026, à laquelle siégeaient :
Mme Aline Evrard, présidente de la formation de jugement en application de l'article R. 222-26 du code de justice administrative,
M. Joël Arnould, premier conseiller,
Mme Vanessa Remy-Neris, première conseillère.
Rendu public par mise à disposition au greffe le 22 juillet 2026.
Le rapporteur,
Joël ArnouldLa présidente,
Aline Evrard
Le greffier en chef,
Cédric Gomez
La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision.
Pour expédition conforme,
La greffière,
2
N° 24LY00027